La piattaforma si occupa, tramite l’utilizzo delle ultime tecnologie e strumentazioni disponibili, di analizzare l’intero trascrittoma e il genoma di microorganismi, piante animali e naturalmente l’uomo. I servizi offerti dalla Piattaforma di Genomica e trascrittomica comprendono la preparazione di librerie a partire da campioni di DNA e RNA, la genotipizzazione mediante tecnologie basate anche sulla PCR ed il sequenziamento mediante tecnologie di seconda generazione (Next Generation Sequencing).
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Illumina NextSeq2000 – Sequenziatore di seconda generazione, multi-laser (449nm, 523nm, 820nm). La flessibilità della piattaforma consente di eseguire sequenziamenti di tipo “Single read” con letture di almeno 50 nt e “Paired-End” con letture da 50 a 300 nt di lunghezza, con possibilità di impostare a priori la lunghezza esatta delle sequenze che verranno generate. Lo strumento offre un’elevata scalabilità con un’ampia scelta tra diversi tipi di cella a flusso in grado di sequenziare da un minimo di 100 milioni ad un massimo di 1,8 miliardi di molecole contemporaneamente, al massimo in 48 ore e con un’accuratezza ≥90%. Produttività da un minimo di 10 Gb ad un massimo di 540 Gb di dati per singola corsa;
- Illumina MiSeqDX. Piattaforma di sequenziamento massivo parallelo da ultilizzare sia in modalità certificata IVD (In Vitro Diagnostic) che in modalità RUO (Research Use Only). Consente di generare sequenze lunghe fino a 300 nucleotidi (nt) in modalità paired ends (2 x 300bp). Ogni run di sequenziamento richiede da 4 a 55 ore a seconda del modo selezionato e può generare fino a 25 Milioni di frammenti.
- 10X Genomics Chromium. Piattaforma per la preparazione di librerie da singole cellule (possibilità di processare fino a 100-80000 cellule in 10 minuti) e per la produzione di linked reads in fase, per la caratterizzazione degli aplotipi e l’assemblaggio de novo dei genomi. I circuiti microfluidici dividono rapidamente i campioni di input (ad esempio DNA ad alto peso molecolare, singole cellule) che vengono quindi identificati mediante codice a barre utilizzando la tecnologia GemCode. Lo strumento Chromium utilizza chip a 8 canali che consentono di processare fino a 8 campioni per corsa (1 campione per canale). L’utilizzo di test specifici a valle genera librerie con codici a barre per il sequenziamento sui sistemi di sequenziamento Illumina.
- 10x Genomics ChromiumX – La tecnologia 10x Genomics, leader a livello mondiale per l’analisi su singola cellula, permette di separare da poche centinaia fino ad 1 Milione di cellule isolate sia da campioni freschi che da campioni fissati in paraformaldeide preservando il loro stato biologico nelle condizioni fisiologiche di raccolta. Grazie alla sua flessibilità il ChromiumX permette di analizzare fino ad 8 corse in parallelo nelle soluzioni standard throughput e fino a 16 corse in parallelo durante le analisi high throughput. Lo strumento permette inoltre il Multiplexing di differenti campioni, fino ad un massimo di 12 nello stesso canale di corsa (max. 96 campioni per analisi in standard throughput, max. 192 campioni per analisi high throughput) riducendo drasticamente non solo i tempi di processazione e di analisi, ma anche il costo per campione.
- Nanostring (Bruker) CosMx SMI – Spatial Multiomics Single-cell Platform – CosMx è una piattaforma che integra imaging ad alta risoluzione e l’analisi dei dati in cloud attraverso la soluzione informatica integrata AtoMx™ per analisi di biologia spaziale su singola cellula. La tecnologia è basata su chimica di ibridazione FISH (fluorescence in situ hybridization) ciclica in grado di generare un codice ottico univoco per ogni target garantendo una elevata specificità e sensibilità. La flessibilità dello strumento consente di analizzare sezioni provenienti da tessuti fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE), congelati freschi (FF) e linee cellulari fissate. Il CosMx permette infine di definire in maniera estremamente sensibile l’espressione di oltre 6000 target di RNA e 64 target proteici, a livello cellulare e subcellulare con una risoluzione che raggiunge i 50 nm.
- QX200 Droplet Digital PCR system (Bio-rad). Sistema per la PCR digitale che si basa sulla tecnologia a micro-gocce delle dimensioni del nanolitro costituite da un’emulsione di olio e acqua. Il campione all’interno del QX200 Droplet Generator viene suddiviso in circa 20000 microgocce dove avviene la reazione di PCR preparata in modo simile a una RT-qPCR con sonde Taqman oppure con intercalanti fluorescenti come Eva Green. Dopo la PCR, le microgocce positive (fluorescenti) e negative (non fluorescenti) vengono contate all’interno del QX200 Droplet Reader e, sfruttando la statistica di Poisson, viene determinata la concentrazione del DNA target del campione originario. Le applicazioni di questa tecnologia sono molteplici ad esempio quantificazione assoluta degli acidi nucleici, copy number variation, espressione genica e analisi dei miRNA.
- ddSeq single cell isolator (Bio-rad). Strumento per l’analisi dell’espressione genica su singola cellula. Lo strumento lavora abbinato al kit Illumina “Illumina® Bio-Rad® SureCell™ WTA 3′ Library Prep Kit”. Il ddSeq single cell isolator, utilizzando una tecnologia a microfluidica, incapsula le singole cellule in microgocce dove avviene la lisi cellulare e il barcoding dei trascritti. Successivamente vengono preparate e sequenziate librerie RNA-seq.
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BD Rhapsody Single-Cell Analysis system (Express): sistema per l’analisi del trascrittoma su singola cellula. Lo strumento utilizza una cartuccia caratterizzata da micropozzetti per la cattura del 3’RNA cellulare basato su microsfere. Coniugando un codice a barre di DNA poliadenilato a un anticorpo universale, è possibile multiplexare fino a 12 campioni in uno, riducendo così i costi sperimentali. Infine, BD AbSeq consente anche la misurazione simultanea dell’espressione sia di proteine che dell’RNA a livello di ogni singola cellula.
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Fragment Analyzer: strumento per elettroforesi capillare (CE) per eseguire la separazione e la quantificazione di acidi nucleici (DNA e/o RNA). La separazione si ottiene applicando un campo elettrico ai singoli capillari di silice (50μm) riempiti con diverse matrici di gel conduttive progettate per separare molecole di DNA o di RNA di dimensioni specifiche. Lo strumento fornisce i valori DQN (DIN) o RQN (RIN) di integrità del DNA o dell’RNA rispettivamente.
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Real-time PCR QuantStudio3: strumento per la reazione a catena della polimerasi a fluorescenza (PCR) per eseguire il rilevamento quantitativo di sequenze di acidi nucleici target (targets), rilevamento qualitativo di target (analisi endpoint) e analisi qualitativa del prodotto PCR (analisi delle curve melting post-PCR ). Il sistema QuantStudio3 è dotato di un blocco per alloggiare piastre da 96 pozzetti da 0,2 ml e utilizza un set di filtri (4 filtri di eccitazione (450-600nm) e 4 filtri di emissione (500-640nm) che permette fino a quattro combinazioni di colori (multiplexing) tra FAM, VIC, ROX, SYBR, ABY, JUN e MUSTANG PURPLE.
Per prenotazioni e informazioni si veda la pagina Come funziona.
I campioni da consegnare vanno corredati del seguente modulo debitamente compilato: Sample order sheet
In caso di analisi con 10x single cell il modulo è il seguente: 10x single cell sample order sheet
Referenti: Monica Castellucci e Francesca Griggio (045 8027220)