Piattaforme

Piattaforma di genomica e trascrittomica

La piattaforma si occupa, tramite l’utilizzo delle ultime tecnologie e strumentazioni disponibili, di analizzare l’intero trascrittoma e il genoma di microorganismi, piante animali e naturalmente l’uomo. I servizi offerti dalla Piattaforma di Genomica e trascrittomica comprendono la preparazione di librerie a partire da campioni di DNA ed RNA, la genotipizzazione mediante tecnologie basate anche sulla PCR ed il sequenziamento mediante tecnologie di seconda generazione (next Generation Sequencing).

  • Illumina HiSeq 1000. Sequenziatore di seconda generazione possiede 8 “lane” indipendenti per il sequenziamento di librerie a DNA/cDNA preparate da campioni di DNA genomico/RNA isolati da tessuti, organi o anche singole cellule isolate dalla Piattaforma di Citometria di Flusso. E’ dotato di 2 laser (532nm e 660nm) e 4 filtri di emissione per la lettura della sequenza tramite incorporazione di nucleotidi bloccati fluorescenti reversibili. Una singola run di sequenziamento richiede 10 giorni ed è in grado di analizzare fino a 1.4-1.6 miliardi di frammenti in un singolo esperimento generando coppie di read paired-end da 100 bp producendo un output >320 Gbp. L’output prodotto corrisponde a 3 genomi umani completi ad una copertura > 30X, a 18 esomi (l’intero corredo genico) umani ad una elevata copertura di 80X e a 48 trascrittomi (il set di geni trascritti) per singolo esperimento.
  • Illumina NextSeq 500. Sequenziatore di seconda generazione dotato di 2 laser (520nm e 650nm) e 2 filtri di emissione per la lettura della sequenza nucleotidica. Consente di generare in tempi molto brevi sequenze paired-end da 150 bp. Ogni run di sequenziamento richiede un massimo di 29 ore e produce un output totale di 120 miliardi di basi, corrispondenti a 1 genoma umano (40X), 6-12 esomi oppure 16 trascrittomi.
  • Illumina MiSeq FGx. Sequenziatore di seconda generazione dotato di 2 laser (530nm, 660nm) in grado di generare fino a 50 milioni di sequenze paired-end per frammento con lunghezze fino a 300 bp. Ogni run di sequenziamento richiede da 4 a 56 ore e produce un output totale di 15 miliardi di basi. È utilizzato per il sequenziamento di pannelli di geni per applicazioni nella diagnostica di tumori e malattie a base genetica e nella medicina forense.
  • Ion Proton. Sequenziatore di seconda generazione basato su lettura del DNA mediante un sistema di rilevazione elettrochimico. E’ in grado di generare sequenze lunghe 200 bp e di produrre un output fino a 10 Gb in 4 ore. È utilizzato per il sequenziamento di pannelli di geni per tumori e altre malattie. L’output prodotto corrisponde al sequenziamento ad alta copertura (1000X) di un pannello di circa 50 geni umani in 96 campioni.
  • ViiA7, 7900HT Fast Real-Time PCR System. Termociclatore per l’analisi contemporanea in real-time PCR di 384 reazioni diverse in volumi di reazione anche di soli 1 µl, con capacità di condurre le reazioni in modalità fast (35 min per singola piastra contro le 2 ore tradizionali) e con possibilità di multiplexing fino a quattro  analisi per pozzetto (per un totale di 1536 analisi per piastra). Lo strumento, che può montare un blocco da 96 pozzetti, è accoppiato ad un robot per il set-up delle piastre (EpiMotion, Eppendorf).

Per prenotazioni e informazioni si veda la pagina Come funziona.

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